Program Beasiswa merupakan bantuan yang diberikan oleh YKAA maupun instansi (yang telah bekerja sama dengan YKAA) kepada penerima manfaat. Bantuan yang diberikan dapat berupa kesempatan untuk berkuliah atau menghubungkan penerima manfaat pada instansi bila ingin bekerja. Dalam hal ini, penerima manfaat yang dimaksud adalah anak asuh yang memiliki kemampuan akademis/non-akademis, keterampilan tertentu, dan karakter yang baik. Penyeleksian penerima manfaat beasiswa dilakukan bukan hanya dari pengamatan YKAA melainkan juga dibantu dari penjelasan pihak LKSA.
Program ini sudah berjalan sejak tahun 2016. Di mulai dengan adanya kesempatan beasiswa yang diberikan oleh Universitas Kristen Krida Wacana, yaitu Claiment Sulaiman Scholarship Fund (CSSF). Penerima beasiswa ini adalah dua orang dari LKSA Parapattan dan satu orang dari LKSA Dorkas. Ketiganya memilih program studi yang berbeda, yaitu Teknologi Informasi, Manajemen, dan Psikologi. Selain itu, pada tahun 2017, satu anak dari Parapattan memperoleh kesempatan dalam bekerja pada salah satu instansi yang bekerja sama dengan YKAA, yaitu FamilyMart.
Pada tahun 2019, bertambah dua orang yang memperoleh beasiswa untuk kuliah. Satu orang memperoleh beasiswa YKAA dan yang lainnya memperoleh beasiswa OTIE. Keduanya memilih program studi yang berbeda, yaitu Manajemen Penerbangan dan Akuntansi.
Selain mendapatkan beasiswa tersebut, anak-anak asuh penerima beasiswa juga diberikan pelatihan dan pembinaan yang berkaitan dengan kepemimpinan, pengelolaan waktu, kecerdasan emosi, dan kecakapan kerja. Pembinaan dilakukan minimal sebulan sekali. Hal ini dimaksudkan untuk membina karakter penerima beasiswa agar mampu menjadi lulusan universitas yang berkualitas bukan hanya dari aspek akademis melainkan dari aspek karakter dan spiritualitas.
